Txatxilipurdiren erabakitze organo nagusia Batzar Orokorra da, bertan hitza eta botu eskubidea dutelarik elkarteko 700 kideek. Batzar horrek Zuzendaritza Batzorde bat hautatzen du, denak bazkideak eta boluntarioak.

Lantaldeen antolaketa aldiz, 6 ataletan banatua dago: haur saila, gazte saila, kultur zerbitzuak, berrameste, guraso saila eta idazkaritza. Atal bakoitzak bere atalburua du eta langile denak elkartzen diren markoa langile batzarra da.